داستان بازی بعد از اولین مرحلهی بازی ghost recon future soldier باری دیگر به بولیوی باز میگردد. جایی که ریکی ساندوال (Ricky Sandoval)، مامور نفوذی سازمان مبارزه با مواد مخدر ایالات متحده موسوم به DEA لو رفته و سانتا بلانکا، بزرگترین کارتل مواد مخدر بولیوی او را بعد از شکنجههای شدید، کشته است. گسترش محدودهی فعالیت کارتل سانتا بلانکا به مکزیک و در نهایت ایالات متحده و کانادا باعث میشود تا سازمان سیا باری دیگر علیرغم کینههای دیرینهی مردم بولیوی، کارِن بوئمن (Karen Bowman) و چهار نیروی نخبه Ghost Recon را برای تحقیق پیرامون نیروهای ارشد ال سوئنو (El Sueño)، رئیس رئیسان سانتا بلانکا و از هم پاشاندن این کارتل مواد مخدر بیرحم به بولیوی ارسال کند.